Глоссарий

2-Абз - 2-Аминобензоил обычно соединяется с 2,4-динитрофенилом (Dnp) или 3-нитротирозином (NitroTyr) с образованием пар флуорофор/гаситель. возбуждение при 320 нм, эмиссия при 420 нм.

3-Абз (м-аминобензойная кислота) можно рассматривать как -аминокислоту. Когда м-аминобензойная кислота включается в пептидные цепи, это приводит к жесткому повороту.

4-Abz (п-аминобензойная кислота, ПАБК), являющаяся природным производным бензойной кислоты, также может использоваться в качестве жесткого линейного спейсера.

Абу, L- -Аминобутирил ((S)-2-Аминобутаноил), -аминомасляная кислота, представляет собой производное аминокислоты. Благодаря структурному сходству с природными аминокислотами его часто используют при разработке и синтезе пептидов и пептидных миметиков.

Ac представляет собой ацетил. N-концевое ацетилирование является распространенной стабилизирующей модификацией пептидов в природе.

Acm, ацетамидометил, можно удалить с помощью Hg(II) или Ag(I). Это одна из обычно используемых тиоловых защитных групп для цистеина при синтезе пептидов с множеством дисульфидных связей.

АКТГ (адренокортикотропный гормон) — это гормон, секретируемый передней долей гипофиза, который стимулирует кору надпочечников к выработке кортикостероидов.

Аад (L- -аминоадипиновая кислота) представляет собой непротеиногенную аминокислоту. Его структура аналогична глутаминовой кислоте (Glu) с дополнительной метиленовой группой в боковой цепи.

(2-Аминоэтокси)уксусная кислота, также известная как этиловый эфир глицина или этиламид глицина, может использоваться в качестве спейсера или линкера в синтезе модификации пептидов.

1-(1'-адамантил)-1-метилэтоксикарбонил, очень устойчивая к кислоте аминозащитная группа в пептидном синтезе, может быть снята с защиты с помощью 3% TFA/CH2Cl2.

AFC (7-Амино-4-трифторметилкумарин) представляет собой флуоресцентное соединение с возбуждением высвобождаемого кумарина при 395-400 нм, эмиссией при 495-505 нм.

Виды с более высокой молекулярной массой образуются за счет нековалентной адгезии более мелких частиц. В частности, в белках агрегация представляет собой форму денатурации, которая может происходить на неполярных поверхностях со вторичными структурами, такими как те, которые обычно образуют внутримолекулярные взаимодействия и скрыты в -спиралях и -листах белка. Молекулы взаимодействуют друг с другом, иногда образуя нерастворимые полимолекулярные формы. Агрегация контрастирует с олигомеризацией, нормальным взаимодействием правильно свернутых нативных белков с образованием полимеров более высокого порядка.

AHX, аминогексаноил,6-аминогексановая кислота, также сокращенно Aca или LC. Обычно вводится в виде короткого неполярного спейсера между последовательностями биотина, флуорофоров и пептидов.

2-Аминоизомасляная кислота – это редкая небелковая аминокислота, которая является конечным продуктом метаболизма пиримидинов, выводится с мочой и присутствует в некоторых антибиотиках грибкового происхождения. Также используется для замены натуральных аминокислот при синтезе пептидов.

Спирты – это те органические соединения, которые характеризуются наличием одной, двух или более гидроксильных групп (-ОН), присоединенных к атому углерода в алкильной группе или углеводородной цепи. Пептидные спирты являются клинически важными соединениями, которые недостаточно изучены в исследованиях взаимосвязи структура-активность (SAR) для открытия лекарств. Например, DAMGO представляет собой агонист опиоидных рецепторов, модифицированный спиртом на С-конце, с последовательностью Tyr-{d-Ala}-Gly-{Me-Phe}-Gly-ol. Он обладает высокой селективностью и сродством к мю-опиоидным рецепторам.

Альдегид — органическое соединение, в котором карбонильная группа присоединена к атому углерода на конце углеродной цепи. Пептидные альдегиды являются важными инструментами в биохимии и химической биологии для ингибирования и химического отключения протеаз.

Aloc – аллилоксикарбонильная, аминозащитная группа (также сокращенно Alloc). Защиту можно снять с помощью Pd(PPh3)4.

Болезнь Альцгеймера, характеризующаяся образованием -амилоидных бляшек и тау-клубков, возникает в результате синаптической дисфункции и проблем с путями клиренса, вызывая когнитивные нарушения.

7-Амино-4-метилкумарин (AMC) — это распространенный флуоресцентный зонд для мечения пептидов в исследованиях протеаз. Его конъюгация с пептидом тушит флуоресцентный сигнал, а высвобождаемый AMC при расщеплении протеазой может количественно определять активность фермента с максимумами возбуждения/эмиссии 345/445 нм. Например, предпочтительный субстратный флуоресцентный пептид для определения трипсиноподобной активности очищенной протеасомы с последовательностью: Ac-Arg-Leu-Arg-AMC.

Предсердный натрийуретический пептид (ANP), гормон, вырабатываемый и выделяемый предсердиями сердца в ответ на увеличение объема крови и давления. Он регулирует баланс жидкости и кровяное давление, способствуя расширению сосудов, увеличению выработки мочи (диурез) и уменьшению реабсорбции натрия в почках. Эти действия помогают противодействовать последствиям высокого кровяного давления и перегрузки жидкостью в организме.

Антигенные пептиды представляют собой короткие аминокислотные последовательности, полученные из белков или других биомолекул, которые запускают иммунный ответ организма. Эти пептиды распознаются иммунной системой как чужеродные или чужеродные для организма, что приводит к активации иммунных клеток, таких как Т-клетки и В-клетки. Антигенные пептиды играют решающую роль в иммунных реакциях, включая выработку адаптивных антител и развитие иммунной памяти. Они широко изучаются в иммунологии и разработке вакцин из-за их способности вызывать специфические иммунные реакции против патогенов или аномальных клеток.

Синтез асимметричных пептидов с 2, 4 и 8 ветвями может быть достигнут путем стратегического включения лизина, аргинина или глутаминовой кислоты в последовательность пептида.

Асимметричный диметиларгинин (ADMA, Arg(Me)2) представляет собой природное химическое соединение и эндогенный ингибитор синтазы оксида азота (NOS). Fmoc-Arg(Me)2-OH (асимметричный) может быть непосредственно использован для синтеза пептидов, содержащих асимметричный диметиларгинин.

5-Аминовалериановая кислота может использоваться в качестве спейсера или линкера при синтезе модификации пептидов.

Бензилоксиметил (Bom) представляет собой кислотолабильную имидазольную защитную группу, используемую в процессе Boc-SPPS для гистидинсодержащих пептидов. Бензилоксиметил после обработки кислотой образует высокореактивный формальдегид. Поэтому Бом лучше всего расщепляется в присутствии Цис, метоксиамина или других соединений, реагирующих с альдегидами.

-аминокислоты имеют аминогруппу, присоединенную к -углероду, который находится на втором атоме углерода от карбоксильной группы. Общую структурную формулу -аминокислоты можно представить как: R−CH(NH2)−COOH.

Натрийуретический пептид B-типа (BNP), гормон, вырабатываемый главным образом желудочками сердца в ответ на чрезмерное растяжение клеток сердечной мышцы. Он играет решающую роль в регулировании артериального давления и баланса жидкости, в первую очередь, способствуя расширению сосудов и увеличению выведения натрия через почки.

трет-Бутилоксикарбонил (Boc) представляет собой очень лабильную -аминозащитную группу в пептидном синтезе, может быть расщеплен с помощью ТФУ/метиленхлорида (1:1), HCl в этилацетате или диоксане, 98% муравьиной кислоты.

2-(4-Бифенилил)изопропилоксикарбонил (Bpoc) представляет собой очень кислотно-лабильную -аминозащитную группу в пептидном синтезе, ее можно расщепить с помощью смеси 1% ТФУ/метиленхлорида.

Пептиды с 2, 4 и 8 разветвлениями можно получить путем стратегического включения лизина, аргинина или глутаминовой кислоты в последовательность пептида.

t-Бутилдиметилсилил (TBS или TBDMS) представляет собой защитную группу для гидроксила, совместимую с Fmoc-SPPS. Он кислотолабилен и может избирательно расщепляться ионами фтора.

Бензоил представляет собой ацильную группу, которую часто вводят на N-конце пептидов. Он менее полярен, чем ацетил (Ac), и может представлять собой постоянную модификацию.

Бензил (Bzl) — алкильный остаток и защитная группа боковой цепи, используемые для блокировки спиртов (Ser, Thr, Hyp) в синтезе пептидов. его можно расщепить сильными кислотами или каталитическим гидрогенолизом (например, водород/Pd).

Холецистокинин (ХЦК) – пептидный гормон, вырабатываемый слизистой оболочкой верхних отделов кишечника и обнаруживаемый в центральной нервной системе. Он стимулирует сокращение желчного пузыря, высвобождение ферментов поджелудочной железы и влияет на различные желудочно-кишечные процессы.

Пептид, связанный с геном кальцитонина (CGRP), представляет собой 37-аминокислотный пептид, родственный кальцитонину, амилину и адреномедуллину. Он существует в двух формах: -CGRP (CGRP I) и -CGRP (CGRP II) со схожей биологической активностью. CGRP в основном обнаруживается в сенсорных и центральных нейронах, влияя на сердечно-сосудистую функцию, метаболизм кальция и тонус фетоплацентарных сосудов. Его рецепторы связаны с G-белком и активируют аденилатциклазу, взаимодействуя с белками, модифицирующими активность рецепторов (RAMP), для специфичности лиганда и клеточного транспорта.

L-Циклогексилаланин (Cha) представляет собой неполярный аминокислотный аналог фенилаланина, в котором ароматическое кольцо заменено циклогексановым кольцом. Такая замена позволяет изучить роль ароматических аминокислот в взаимодействиях типа π-π-взаимодействий путем замены остатков фенилаланина на Cha в экспериментах.

L- -Циклогексилглицин (Chg) представляет собой неполярную аминокислоту, стерически затрудненную. Он служит важным фармацевтическим промежуточным продуктом, а также содержится в натуральных продуктах.

Холестерин естественным образом вырабатывается печенью и другими клетками организма, но он также может поступать из пищи, которую мы едим, особенно из продуктов животного происхождения, таких как мясо, птица и жирные молочные продукты. Холестерин можно связать с пептидами для улучшения фармакокинетики.

цис-гидроксипролин, стереоизомер природного транс-гидроксипролина.

Цитруллин присутствует в белках в результате посттрансляционной ферментативной модификации остатков аргинина.

CMK представляет собой ингибитор киназы RSK2 с аналогичной эффективностью, но меньшей химической стабильностью, чем FMK.

Натрийуретический пептид С-типа (CNP) представляет собой пептид сосудистых эндотелиальных клеток, известный своим сосудорасширяющим действием. Он демонстрирует структурное и физиологическое сходство с натрийуретическими пептидами предсердий и мозга (ANP и BNP).

L- -Циклопентилглицил (Cpg) представляет собой неполярную аминокислоту, стерически затрудненную.

В пептидной последовательности это уникальный остаток, который соединен с линейной последовательностью своей аминогруппой, оставляя ее со свободной карбоксильной группой. Карбоксильная группа этого остатка может подвергаться таким модификациям, как амидирование или, в таких случаях, как пироглутамат, внутренняя лактамизация.

Цианин 3 представляет собой красный флуоресцентный цианиновый краситель, обычно возбуждаемый источником света с длиной волны около 558 нм и излучающий свет с длиной волны примерно 572 нм.

Цианин 5 представляет собой флуорофор цианинового красителя, который излучает флуоресценцию в ближнем инфракрасном диапазоне, обычно возбуждаемую источником света с длиной волны около 646 нм и излучающую свет с длиной волны примерно 664 нм.

L-,-Диаминомасляная кислота представляет собой ,ω-диаминокислоту, более короткий аналог орнитина (Orn) и лизина (Lys). При соответствующей защите ω-диаминокислоты могут быть избирательно модифицированы в положении Nω или включены для создания разветвленных пептидов или дендримеров.

3-(Диметиламиноазо)бензол-4-карбоновая кислота представляет собой хромофор, связанный с аминогруппами, используемый в биохимии и молекулярной биологии в качестве гасителя при резонансном переносе энергии флуоресценции (FRET), например, в EDANS. Возбуждение DABCYL при 454 нм.

Дабсил,4-диметиламинобензолсульфонилхлорид. Хромофор, связанный с аминогруппами, используемый в качестве гасителя в сочетании, например, с ЭДАНС. Возбуждение дабсила при 436 нм.

4-Диметиламино-1-нафталинсульфонил, флуорофор, связанный с аминогруппами, возбуждение при 342 нм, эмиссия при 562 нм.

L-,-Диаминопропионовая кислота (Dap или Dpr) представляет собой ,ω-диаминокислоту, которая является более коротким аналогом диаминомасляной кислоты (Dab), орнитина (Orn) и лизина (Lys). Модифицированные производные ω-диаминокислот могут быть избирательно изменены в их положении Nω или включены для создания разветвленных пептидов или дендримеров.

1-(4,4-Диметил-2,6-диоксоциклогекс-1-илиден)этил (Dde) представляет собой аминозащитную группу, используемую в синтезе пептидов. Его можно селективно расщепить, используя 2% гидразингидрата в диметилформамиде (ДМФ). Nω-Dde позволяет специфично удалять Dde из аминокислот, таких как Dap, Dab, Orn или Lys, после твердофазного пептидного синтеза Fmoc (SPPS), способствуя модификации Nω-аминогруппы на смоле.

Дисульфидные связи — это ковалентные связи, образующиеся между двумя сульфгидрильными (-SH) группами остатков цистеина в белках.

2,4-диметоксибензил представляет собой кислотолабильную защитную группу формамида, используемую для обратимой модификации основной цепи при синтезе пептидов. Они включаются во время твердофазного пептидного синтеза (SPPS) в виде аминокислоты или дипептида Fmoc-Dmb (Fmoc-Xaa-DmbYaa-OH), где Fmoc предотвращает агрегацию пептидов и, таким образом, способствует эффективному удлинению. Dmb также способствует реакциям циклизации и предотвращает образование аспарагимида. В отличие от производных Hmb, Dmb не образует бензоксазепины во время активации.

2,4-Динитрофенил представляет собой хромофор, сопряженный с аминогруппами, обычно используемый в качестве гасителя в субстратах резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET).

4,4'-Диметоксидитил, также известный как бис-(4-метоксифенил)метил, представляет собой кислотолабильную защитную группу карбоксамида, совместимую с твердофазным пептидным синтезом Fmoc (SPPS).

ДОФА, 3,4-дигидроксифенилаланин, является предшественником нескольких важнейших нейротрансмиттеров, включая дофамин, норадреналин и адреналин.

(4,7,10-Трикарбоксиметил-1,4,7,10-тетраазациклододецил)уксусная кислота, сокращенно ДОТА, представляет собой циклический хелатор, обычно присоединяемый к N-концу пептидов. DOTA облегчает мечение пептидов радионуклидами, такими как 68Ga или 90Y, для различных биомедицинских применений, включая визуализацию и таргетную терапию.

Дифенилметил (дитил), кислотолабильная N-, O- и S-защитная группа.

Диэтилентриаминпентауксусная кислота (ДТПА) является полезным хелатирующим агентом для радионуклидов, таких как (68)Ga, (99m)Tc и (111)In, которые применимы для визуализации в ядерной медицине.

5-[(2-Аминоэтил)амино]нафталин-1-сульфоновая кислота (ЭДАНС) — это флуорофор, обычно связанный с Nω диаминокислот, таких как лизин. Он часто используется в подложках FRET, обычно в сочетании с гасителями, такими как DABCYL. ЭДАНС имеет длину волны возбуждения 340 нм и излучает при длине волны 490 нм.

Полипептид, активирующий эндотелиальные моноциты.

Этил, алкильная группа и гомолог метила (Me), используется для постоянных модификаций N- и S-этилирования в пептидах.

Картирование эпитопов (картирование эпитопов антигенов) — это метод, используемый для определения конкретных областей (то есть эпитопов антигена) на антигене, которые могут распознаваться антителами или иммунной системой. Эпитопы антигена можно разделить на линейные эпитопы и конформационные эпитопы. Посредством картирования эпитопов антигена мы можем глубоко понять взаимосвязь между структурой и функцией антигена, что имеет большое значение при разработке вакцин, диагностике заболеваний, иммунотерапии и других аспектах.
Некоторые часто используемые методы картирования эпитопов антигена включают:
Рентгеновская кристаллография: она может напрямую анализировать трехмерную структуру антигена, тем самым определяя положение эпитопа.
Ядерный магнитный резонанс: его также можно использовать для анализа структуры антигена для определения эпитопа.
Методика сканирования пептидов: использование серии перекрывающихся синтетических пептидных сегментов для идентификации эпитопа, который связывается с антителом.
Например, в исследованиях и разработках вакцин выяснение ключевых эпитопов антигена помогает разработать более эффективные вакцины и вызвать более целенаправленный иммунный ответ; При диагностике заболеваний определение эпитопов антигенов, связанных с конкретными заболеваниями, позволяет разработать более точные диагностические реагенты.

5-FAM (5-Карбоксифлуоресцеин) — это флуорофор, обычно используемый для мечения биомолекул, с длиной волны возбуждения 490 нм и эмиссией 520 нм.

Флуоресцеин-6-карбонил представляет собой флуорофор, присоединенный к аминогруппам, с длиной волны возбуждения 490 нм и эмиссией при 520 нм.

Флуоресцеинизотиоцианат (ФИТЦ) представляет собой флуорофор, реагирующий с аминогруппами. При мечении пептида на его N-конце с помощью FITC обычно вставляют спейсер, такой как -аланин или Ahx. FITC имеет длину волны возбуждения 490 нм и излучение 520 нм.

9-Флуоренилметил — это лабильная к основаниям защитная группа, используемая для O- и S-защиты.

ФМК, фторметилкетон, является необратимым ингибитором киназы RSK2.

9-Флуоренилметоксикарбонил (Fmoc), аминозащитная группа в твердофазном синтезе FMOC, можно удалить с помощью 20% раствора пиперидина/ДМФ.

Формил представляет собой индолзащитную группу, используемую в Boc-SPPS. Trp(For) расщепляется HF в присутствии меркаптана или таких оснований, как пиперидин.

Резонансный перенос энергии флуоресценции (FRET) — это передача безызлучательной энергии от возбужденного флуорофора (донора) к подходящему акцептору (тушителю). Перенос зависит от расстояния, ориентации диполя и спектрального перекрытия донора и акцептора. В субстратах FRET флуорофор и тушитель связаны пептидной цепью. Ферментативное расщепление увеличивает флуоресценцию за счет разделения донора и акцептора.

Флуоресценция — это свет, излучаемый веществом, которое поглощает свет или другое электромагнитное излучение. Это происходит, когда молекулы, называемые флуорофорами, поглощают фотоны определенной длины волны, возбуждаются, а затем испускают фотоны и возвращаются в свое основное состояние. Испускаемый свет обычно имеет большую длину волны и меньшую энергию, чем поглощенный свет, что приводит к характерному спектру флуоресценции. Это явление широко используется для различных научных и медицинских целей, включая микроскопию, проточную цитометрию и флуоресцентную спектроскопию.

Желудочный ингибирующий полипептид (ГИП), также известный как глюкозозависимый инсулинотропный пептид, принадлежит к семейству гормонов секретина. Он стимулирует секрецию инсулина, ингибирует секрецию желудочной кислоты и играет решающую роль в регуляции секреции инсулина и гомеостаза глюкозы.

L- -Карбоксиглутаминовая кислота (Gla) образуется в результате посттрансляционного карбоксилирования глутаминовой кислоты, в результате чего образуются белки, способные связывать ионы кальция, такие как остеокальцин. Gla-содержащие пептиды в идеале синтезируются с использованием твердофазного пептидного синтеза Fmoc (SPPS), поскольку Gla может подвергаться декарбоксилированию с образованием глутаминовой кислоты в присутствии сильных кислот.

Глюкагоноподобные пептиды являются членами суперсемейства глюкагонов пептидных гормонов, происходящих из С-концевой области проглюкагона. Они в основном синтезируются L-клетками кишечника.

Гонадотропин-рилизинг-гормон (ЛГРГ) представляет собой декапептидный гормон, вырабатываемый нейросекреторными клетками гипоталамуса и высвобождаемый пульсирующими выбросами в портальную циркуляцию гипофиза. Пульсирующая секреция имеет решающее значение для репродуктивных функций, полового развития и дифференцировки.

Высвобождающий гормон роста гормон (GHRH), также известный как соматорелин, представляет собой пептидный гормон гипоталамуса, который стимулирует гипофиз к высвобождению и синтезу гормона роста.

Высвобождающий гормон роста гормон (GHRH), также известный как соматорелин, представляет собой пептидный гормон гипоталамуса, который стимулирует гипофиз к высвобождению и синтезу гормона роста.

Человеческий лейкоцитарный антиген (HLA) относится к группе белков, обнаруженных на поверхности клеток, которые играют решающую роль в распознавании иммунной системой чужеродных веществ. Они кодируются генами главного комплекса гистосовместимости (MHC) у человека и необходимы для презентации антигенов Т-клеткам, позволяя иммунной системе различать собственные и чужие клетки. Молекулы HLA очень разнообразны и полиморфны, что вносит значительный вклад в индивидуальные иммунные реакции и восприимчивость к аутоиммунным заболеваниям и отторжению трансплантата.

2-гидрокси-4-метоксибензил представляет собой кислотолабильную формамидную защитную группу, используемую для обратимой модификации основной цепи при синтезе пептидов. Он включается в виде аминокислоты или дипептида Fmoc-Hmb (Fmoc-Xaa-HmbYaa-OH) во время твердофазного синтеза пептида Fmoc (SPPS), предотвращая агрегацию и обеспечивая эффективное удлинение пептида. Hmb также способствует реакциям циклизации и предотвращает образование аспарагина.

L-гомоаргинин является гомологом L-аргинина, сокращенно Har, и может быть обнаружен в плазме и моче. Гомоаргинин является результатом гуанидинирования лизина, которое также может осуществляться с пептидами и белками.

Гомоцитруллин является гомологом L-цитруллина, сокращенно Hci, и может быть обнаружен в моче человека.

L-гомоцистеин является гомологом цистеина, сокращенно Hcy, и образуется путем деметилирования метионина. Повышенный уровень Hcy в крови является фактором риска сердечно-сосудистых и нейродегенеративных заболеваний. В отличие от производных Cys, производные Hcy не рацемизуются во время связывания, а также -элимин.

Гомологи L-лейцина, сокращенно Hle.

Гомофенилаланин, гомолог фенилаланина, сокращенно Hph, является компонентом ингибиторов АПФ и ренина. Fmoc-Homophe-OH является потенциальным противовоспалительным препаратом.

L-гомопролин или L-пиколевая кислота, сокращенно Pip или Hpr. Гомолог пролина Hpr представляет собой продукт деградации L-лизина. Оба энантиомера могут быть обнаружены в плазме человека. Поскольку остатки пролина сильно влияют на конформацию пептида, замена Pro на Hpr (или азетидин-2-карбоновую кислоту (Aze)) может модулировать его вторичную структуру.

L-трансгидроксипролин образуется посттрансляционно путем окисления пролина. Hyp является основным компонентом коллагена и белка мидий.

Изосерин, изомер L-серина, представляет собой -аминокислоту.

ivDde, защитная группа для аминогруппы, может быть снята с защиты и расщеплена 2% гидразингидратом в ДМФ. ivDde более стабилен, чем Dde, к частому многократному лечению пиперидином во время Fmoc-SPPS. Nω-ivDde можно выборочно удалить из Dap, Dab Orn или Lys, что позволяет осуществлять постсинтетическую модификацию Nω-аминогруппы на смоле.

Гемоцианин улитки замочной скважины (KLH) представляет собой крупный многосубъединичный металлопротеин, переносящий кислород, обнаруженный в гемолимфе гигантского гемоцианина улитки. В качестве носителя антигена KLH обычно повышает иммуногенность и способность связывать антиген путем связывания последовательностей целевого полипептида, что значительно способствует образованию эффективных, специфических и функциональных антител.

Лютеинизирующий гормон-рилизинг-гормон (ЛГРГ или ГнРГ) представляет собой декапептидный гормон, синтезируемый нейросекреторными клетками гипоталамуса и пульсирующим образом высвобождаемый в портальную циркуляцию гипофиза. Пульсирующая секреция имеет решающее значение для репродуктивной функции, полового развития и дифференцировки.

При разработке и синтезе пептидов исследователи могут вставить линкер между биотином или флуоресцентным веществом и пептидами. Обычным гидрофобным спейсером является аминогексановая кислота (Ahx), а обычным гидрофильным спейсером является поли(этилен)гликоль (ПЭГ).

Процесс сублимационной сушки, при котором жидкость удаляется из термочувствительных материалов. Материал замораживают, помещают под высокий вакуум и хранят при низких температурах. Давление, создаваемое вакуумом, заставляет лед переходить из твердого состояния в газообразное, минуя жидкое состояние. Пептиды обычно поставляются в виде лиофилизированного порошка.

Жидкостная хроматография-масс-спектрометрия — это универсальный аналитический метод, который объединяет жидкостную хроматографию с масс-спектрометрией для получения подробной информации о составе и структуре молекул в сложных образцах.

Множественные антигенные пептиды. Множественный антигенный пептид — это один из эффективных способов производства антипептидных антител с высоким титром и синтетических пептидных вакцин.

Масс-спектрометрия с лазерной десорбцией/ионизацией с использованием матрицы (MALDI-MS) — это аналитический метод, используемый для измерения отношения массы к заряду ионов. Это особенно полезно для анализа биомолекул, таких как пептиды, белки и полимеры.

Масс-спектрометрия (МС) — мощный аналитический метод, используемый для измерения отношения массы к заряду (m/z) ионов.

4-Метокси- -нафтиламид, сокращенно MNA, представляет собой флуорофор, который обычно присоединяется к субстрату карбоксипептидазы на С-конце. Расщепленная 4М НК возбуждает при 335-350 нм и излучает при 410-440 нм.

Метоксибензолсульфонил (Mbs) представляет собой гуанидиловую защитную группу, используемую в твердофазном пептидном синтезе на основе Boc (Boc-SPPS). Эту защитную группу можно снять путем расщепления фтористым водородом (HF).

4-Метилбензил (Mbzl) представляет собой сульфгидрильную защитную группу, используемую в твердофазном пептидном синтезе на основе Boc (Boc-SPPS). Mbzl более стабилен, чем метоксибензил (Mob), при частой обработке трифторуксусной кислотой (TFA) и может быть удален путем расщепления фтороводородом (HF).

(7-Метоксикумарин-4-ил)уксусная кислота (Mca) представляет собой флуорофор, который может быть связан с аминогруппой.
Mca связывается с динитрофенилом (Dnp) для субстратов резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET). Длина волны возбуждения составляет 325 нм, длина волны излучения — 392 нм.

Меланин-концентрирующий гормон (МКГ) представляет собой циклический нейропептид, впервые выделенный из рыб и крыс. MCH в первую очередь участвует в регуляции пигментации кожи костистых рыб и пищевого поведения млекопитающих.

Метил, простейший алкильный заместитель, участвует в N-, O- и S-метилировании, которые представляют собой постоянные модификации пептида.

3-Метоксисукцинил, соответствующий дезаминированному Asp(OMe), представляет собой полярную N-концевую блокирующую группу, обычно включаемую в субстраты карбоксипептидазы.

Метилирование — это посттрансляционная модификация (ПТМ) пептидов и белков, при которой метильная группа (-CH3) ферментативно добавляется к определенным аминокислотным остаткам, обычно лизину (Lys), аргинину (Arg), гистидину (His) или глутамату ( Глу). Эта модификация может существенно влиять на функцию белка, его стабильность и взаимодействие с другими молекулами, тем самым играя ключевую роль в регуляции различных клеточных процессов, включая экспрессию генов, передачу сигналов и белок-белковые взаимодействия.

Главный комплекс гистосовместимости (MHC) представляет собой генетическую область, содержащую гены, кодирующие молекулы MHC. Эти молекулы играют решающую роль в иммунной системе и аутоиммунитете. У человека этот комплекс также известен как система человеческого лейкоцитарного антигена (HLA).

Молекулы MHC класса I (MHC I) представляют собой белки на поверхности клеток, которые доставляют пептиды изнутри клетки цитотоксическим Т-клеткам. Это помогает иммунным клеткам распознавать и уничтожать инфицированные или аномальные клетки, что имеет решающее значение для иммунной защиты от патогенов и рака.

Молекулы MHC класса II (MHC II) представляют собой белки клеточной поверхности, которые представляют пептиды, полученные из чужеродных веществ, Т-хелперным клеткам. Это взаимодействие необходимо для координации иммунных реакций и активации других иммунных клеток против патогенов.

Монометилированный аргинин (ММА) представляет собой посттрансляционную модификацию, при которой одна метильная группа (-CH3) ферментативно добавляется к гуанидиновому азоту остатка аргинина в пептиде или белке.

3-меркаптопропиламин может использоваться в качестве пептидного лиганда или модификатора в различных биохимических и биомедицинских приложениях.

Миристоилирование — это процесс модификации липидов, при котором миристоильная группа, состоящая из 14-углеродонасыщенной жирной кислоты, ковалентно связана с N-концом пептида. Эта модификация служит для закрепления белка на клеточной мембране, облегчая его локализацию и участие в различных клеточных процессах.

-(1-нафтил)-L-аланин представляет собой неполярное производное аминокислоты, подобное фенилаланину, но с нафтильной группой вместо фенильной группы.

-(2-Нафтил)аланин представляет собой неполярное производное аминокислоты, подобное фенилаланину, но с нафтильной группой вместо фенильной группы.

3-нитробенз-2-окса-1, 3-диазол (NBD) обычно вводят путем конъюгирования реагента NBD-Cl с пептидом. Пептиды, меченные NBD, широко выбираются из-за их полезности в исследованиях, посвященных мембранам и клеточной биологии.

N-Этиламид можно рассматривать как декарбоксилированную форму С-концевого аланина. В агонисте ЛГРГ бусерелине NHEt служит аналогом С-концевого глицинамида. Пептид N-этиламид устойчив к деградации карбоксипептидазами.

L-норлейцин (Nle) представляет собой стабильный изостер L-метионина. Когда биологическая активность пептида снижается из-за образования сульфоксида, Nle можно заменить Met без изменения его функционального поведения.

NOTA, 1,4,7-триазациклононан-1,4,7-триуксусная кислота, представляет собой бифункциональный хелатор, который служит основой для создания инструментов ПЭТ-визуализации. Он также используется при разработке зондов и усилении сигнала посредством многовалентных эффектов и имеет потенциальное применение в качестве диагностического радиофармацевтического препарата галлия.

N-Me обычно относится к N-метилированию, химической модификации, при которой метильная группа (-CH 3 ) присоединяется к атому азота в молекуле, например N-Me-Gly, N-Me-Ser, N-Me. -Tyr, N-Me-Thr, N-Me-Asp, N-Me-Glu, N-Me-Ala, N-Me-Phe, N-Me-Leu, N-Me-Ile, N-Me-Val , Н-Ме-Мет, Н-Ме-Нле, Н-Ме-Нва и т. д.

NODAGA,1,4,7-триазациклононан,1-глутаровая кислота-4,7-диуксусная кислота — выдающийся бифункциональный хелатор для проектирования и разработки металлорганических радиофармацевтических препаратов, предлагающий значительные потенциал для применения в диагностической визуализации и таргетной лучевой терапии.

2-Нитрофенилтио (Nps) — S-защитная группа, используемая в твердофазном пептидном синтезе на основе Boc (Boc-SPPS). Он может расщепляться тиолами, в частности, через свободную сульфгидрильную группу цистеина (Cys), что приводит к одновременному образованию дисульфидной связи.

Нейропептид Y (NPY) является важным нейропептидом в головном мозге и входит в семейство нейропептидов Y, которое включает полипептид поджелудочной железы (PP) и пептид YY (PYY).

2-Нитро-2-пиридилсульфенил (Npys) представляет собой S-защитную группу, совместимую с твердофазным пептидным синтезом на основе Boc (Boc-SPPS). Npys может расщепляться тиолами, в частности, через свободную сульфгидрильную группу цистеина (Cys), что приводит к одновременному образованию дисульфидной связи.

Норвалин представляет собой неполярную алифатическую аминокислоту и гомолог -аминомасляной кислоты (Abu).

-Нафтиламид представляет собой флуорофор, обычно используемый в субстратах карбоксипептидазы, обычно связанный на С-конце пептидов. Расщепленная NA возбуждает при 330 нм и излучает при 370 нм.

-Нафтиламид представляет собой флуорофор, обычно используемый в субстратах карбоксипептидазы, обычно связанный на С-конце пептидов. Раскол NA при 320-340 нм, эмиссия при 410-420 нм.

Аллиловый эфир представляет собой защитную карбоксильную группу, которая совместима с твердофазным пептидным синтезом (SPPS) на основе Fmoc и Boc. Подобно Aloc, аллиловые эфиры можно селективно удалить обработкой Pd(PPh3)4. В Fmoc-SPPS Asp(OAll) чувствителен к катализируемому основаниями образованию аспартимида.

Бензиловый эфир, защитная группа карбоксила, может быть удален каталитическим гидрированием (например, H2/Pd) или сильными кислотами.

OcHex представляет собой стандартную защитную группу для карбоксила, используемую в твердофазном пептидном синтезе на основе Boc (Boc-SPPS).

4-(N-[1(4,4-Диметил-2,6-диоксоциклогексилиден)-3-этилбутил]амино)бензиловый эфир (ODmab) представляет собой карбоксизащитное средство группа, используемая в твердофазном пептидном синтезе на основе Fmoc (Fmoc-SPPS). Его можно расщепить и снять защиту с помощью 2% гидразингидрата в ДМФ.

2,4-Диметоксибензиловый эфир представляет собой высоколабильную в кислоте защитную группу карбоксила, которую можно удалить с помощью 1% ТФУ в дихлорметане.

Этиловый эфир. Из-за строгих условий, необходимых для удаления этиловых эфиров, модификация пептидов этиловыми эфирами может повысить их липофильность и стабильность.

9-Флуоренилметиловый эфир представляет собой лабильную к основаниям карбоксильную защитную группу, которую можно удалить с помощью пиперидина в ДМФ.

Гексиловые эфиры. Из-за строгих условий, необходимых для удаления этиловых эфиров, модификация пептидов этиловыми эфирами может повысить их липофильность и стабильность.

L-Отагидроиндол-2-карбоновая кислота (Oic) представляет собой неполярную затрудненную аминокислоту. Вставка этой родственной пролину аминокислоты в полипептидную последовательность сильно влияет на конформацию пептида.

Метиловые эфиры представляют собой полупостоянные C-концевые защитные группы при жидкофазном синтезе, и их можно превращать в пептидные гидразиды, предшественники реакционноспособных пептидных азидов. Азидное связывание остается наиболее популярным методом связывания фрагментов в жидкофазном синтезе пептидов.

3-Метилпент-3-иловый эфир (OMpe) представляет собой кислотолабильную карбоксильную защитную группу, часто используемую для защиты карбоксильной группы аспарагиновой кислоты (Asp) в твердофазном пептидном синтезе на основе Fmoc (Fmoc-SPPS). ).Этот более стерически требовательный аналог трет-бутилового эфира был разработан специально для уменьшения катализируемого основаниями образования аспарагимида.

Орто-нитрофениловые эфиры Boc- или Z-аминокислот представляют собой предварительно активированные производные, используемые в синтезе растворов пептидов.

Орнитин (Orn) вырабатывается из аргинина во время цикла мочевины, а также может наблюдаться в пептидах как продукт деградации аргинина. Образование Орна путем ацилирования гуанидинового фрагмента аргинина является распространенной побочной реакцией при синтезе пептидов.

Гидроксисукцинимидный эфир (OSu, сокращенно NHS) представляет собой предварительно активированное производное аминокислоты, которое обычно используется в синтезе пептидов, особенно в модификации пептидов. Эфиры OSu безопасны, нестеричны, совместимы с водными системами и просты в обращении.

Трет-бутиловый эфир, кислотолабильная карбоксильная защитная группа для аминокислот в синтезе пептидов.

4-Аминобензойная кислота (парааминобензойная кислота). Может использоваться для синтеза линкеров конъюгата антитело-лекарственное средство. Например, Mal-PEG2-Val-Cit-PABA представляет собой расщепляемый линкер конъюгата антитело-лекарственное средство (ADC).

PABC (парааминобензилкарбамат) представляет собой химическое соединение, используемое при синтезе конъюгатов антитело-лекарственное средство (ADC) в качестве линкера. Он облегчает контролируемое прикрепление лекарств к антителам, обеспечивая целенаправленную доставку лекарств при лечении рака и других биомедицинских применениях. Например, Mc-Val-Cit-PABC-PNP представляет собой расщепляемый катепсином линкер, используемый в конъюгатах антитело-лекарственное средство (ADC).

Полипептид, активирующий аденилатциклазу гипофиза (PACAP), представляет собой высококонсервативный нейропептид, который широко экспрессируется в головном мозге млекопитающих. Он оказывает свое биологическое действие путем повышения внутриклеточных уровней циклического АМФ посредством взаимодействия с рецепторами.

Пальмитоил, неполярная ацильная группа, введенная на N-конце или сбоку. Пальмитоилирование также наблюдалось как посттрансляционная модификация белков.

Фенилацетамидметиловая смола — это смола, разработанная специально для твердофазного пептидного синтеза на основе Boc (Boc-SPPS). Пептиды, синтезированные на этой смоле, можно высвободить с помощью расщепления HF.

В конъюгатах антитело-лекарственное средство (ADC) линкер соединяет антитело с цитотоксической нагрузкой. Выбор полезной нагрузки имеет решающее значение, поскольку он определяет эффективность и специфичность ADC при доставке терапии к тканям-мишеням посредством специфических механизмов высвобождения.

2,2,4,6,7-Пентаметилдигидробензофуран-5-сульфонил (Pbf) является предпочтительной гуанидинозащитной группой, используемой в твердофазном пептидном синтезе на основе Fmoc (Fmoc-SPPS). Он проявляет несколько более высокую кислотную лабильность по сравнению с Pmc.

Пеницилламин – аналог L-цистеина, характеризующийся заменой метильной группы (-CH3) на карбоновую кислоту (-COOH).

Самосборка пептидов — это когда пептиды естественным образом организуются в упорядоченные структуры без внешнего вмешательства. этот процесс обусловлен нековалентными взаимодействиями, такими как водородные связи, гидрофобные взаимодействия, электростатические силы и π-π-упаковка. Самосборка пептидов может привести к образованию различных наноструктур, включая волокна, сферы, листы и гели, которые находят применение в материаловедении, биотехнологии и медицине.

Фенилацетил (фенилак или Phac) представляет собой ацильную группу, обычно связанную на N-конце пептидов, характеризующуюся более низкой полярностью по сравнению с ацетилом (Ac). Он представляет собой постоянную модификацию пептидов.

фенилглицин (Phg) представляет собой производное аминокислоты, в котором фенильная группа заменяет атом водорода в молекуле глицина.

Пептид гистидин изолейцин (PHI), свиной пептид, родственный VIP и секретину.

Пептид гистидин-метионин (ПГМ), человеческий пептид, родственный VIP.

Изоэлектрическая точка (pI) определяется как уровень pH, при котором белок/пептид имеет нулевой суммарный заряд (Смолуч и др., 2016).

2,2,5,7,8-Пентаметилхроман-6-сульфонил (Pmc) представляет собой гуанидинильную защитную группу, обычно используемую в твердофазном пептидном синтезе на основе Fmoc (Fmoc-SPPS). Он известен своей немного меньшей кислотолабильностью по сравнению с Pbf.

п-Нитроанилин, хромофор, обычно конъюгируется с С-концом субстратов карбоксипептидазы. Поглощение высвобожденного п-нитроанилина обычно измеряется на длинах волн около 405 или 410 нм.

L-пропаргилглицин (Пра) вырабатывается микроорганизмами. Эта аминокислота, характеризующаяся структурой тройных связей, высоко ценится в качестве основной единицы для синтеза пептидов, способных участвовать в реакциях «химии щелчка», привлекая значительное внимание в этой области.

Паратироидный гормон (ПТГ) — это пептидный гормон, выделяемый паращитовидными железами, который имеет решающее значение для поддержания гомеостаза кальция и фосфора во внеклеточной жидкости.

Посттрансляционные модификации (ПТМ) белков добавляют функциональные группы или белки, вырезают регуляторные субъединицы или разрушают целые белки. Эти изменения, такие как фосфорилирование, гликозилирование, метилирование, ацетилирование, липидирование, убиквитинирование, нитрозилирование и протеолиз, влияют на нормальную работу клеток и во время болезни. Понимание PTM имеет решающее значение для фундаментальных исследований и поиска новых методов лечения.

пироглутаминовая кислота, также известная под такими сокращениями, как Pgl, Glp, pGlu или

фенилазобензилметоксикарбонил представляет собой хромофорную N-защитную группу, используемую в синтезе пептидов, расщепляемую каталитическим гидрированием или сильной кислотой. Он демонстрирует максимальные длины волн поглощения при 229, 320 и 441 нм.

Пара тушителей состоит из флуоресцентной молекулы (флуорофора) и молекулы-гасителя, используемой в исследованиях и анализах, основанных на флуоресценции. Гасилитель поглощает свет, излучаемый флуорофором, уменьшая его флуоресценцию. Когда флуорофор и тушитель разделяются, например, в результате биохимической реакции, сигнал флуоресценции увеличивается. Это позволяет исследователям измерять изменения и взаимодействия в реальном времени. Этот метод обычно используется в таких приложениях, как ПЦР в реальном времени, молекулярные зонды и анализы FRET (резонансный перенос энергии Фёрстера).

Фтор-18 — это радиолиганд, обычно используемый в ПЭТ-визуализации для оценки метаболизма глюкозы в тканях, а также при диагностике рака и визуализации головного мозга.

Случайная библиотека пептидов представляет собой совокупность множества коротких пептидных последовательностей, сгенерированных случайным образом. Каждый пептид в библиотеке содержит определенное количество аминокислот со случайно определенными последовательностями, что создает разнообразный спектр пептидных молекул. Исследователи используют эти библиотеки для поиска пептидов с особыми свойствами, биологической активностью или взаимодействием с целевыми молекулами. Они особенно полезны в разработке лекарств, иммунологии и исследованиях межбелковых взаимодействий, помогая найти новые методы лечения и понять сложные биологические процессы.

Остаток — это отдельная аминокислота в пептиде или белке. Поскольку аминокислоты соединяются вместе посредством пептидных связей, образуя эти цепи, каждая аминокислотная единица называется остатком. Этот термин используется потому, что при образовании пептидной связи каждая аминокислота теряет молекулу воды (H2O), оставляя после себя так называемый остаток.

Смола представляет собой нерастворимый полимер, используемый в твердофазном синтезе пептидов (ТФПС) в качестве твердой подложки для непрерывного добавления аминокислот. Гранулы смолы обеспечивают стабильную и инертную поверхность, к которой ковалентно присоединяются исходные аминокислоты, позволяя строить пептидную цепь остаток за остатком.

Родамин B представляет собой краситель от ярко-розового до красного с длиной волны возбуждения обычно около 540-570 нм и диапазоном излучаемого света 560-580 нм. Обычно он конъюгируется с последовательностью пептида через N-концевую аминогруппу пептида.

Обращенно-фазовый высокоэффективный жидкостный хроматограф.

Лекарства на основе зависимости структуры-активности (SAR) разрабатываются путем изучения взаимосвязи между химической структурой лекарства и его биологической активностью.

Саркозин, простейшая N-алкилированная аминокислота.

Симметричный диметиларгинин(SDMA, Arg(Me)2), Fmoc-Arg(Me)2-OH (симметричный) можно напрямую использовать для синтеза пептидов, содержащих симметричный диметиларгинин.

Твердофазный пептидный синтез (ТФПС) — метод химического синтеза пептидов, при котором пептиды поэтапно собираются на твердой подложке или смоле путем последовательного добавления защищенных аминокислот. SPPS включает две стратегии: Fmoc-SPPS и Boc-SPPS, которые различаются выбором защитных групп N-аминогруппы (Fmoc или Boc) и защитных групп боковой цепи. Тип выбранной N-аминозащитной группы определяет стратегию защиты боковой цепи и условия окончательного отщепления пептида от смолы.

Статин, сокращенно Sta, представляет собой небелковую аминокислоту, которая часто используется при создании пептидных миметиков, особенно при синтезе ингибиторов протеаз.

Трет-бутилтио (StBu) представляет собой S-защитную группу, которая расщепляется путем восстановления фосфина и совместима с Boc-SPPS.

Сукцинил представляет собой полярную N-концевую модификацию, которая соответствует дезаминированному аспартату и обычно включается в субстраты карбоксипептидазы.

TAMRA, также сокращенно TMR, представляет собой флуорофор, который может быть присоединен к аминогруппе. Его часто используют в сочетании с FAM для подложек FRET. TAMRA имеет длину волны возбуждения 485 нм и длину волны излучения 535 нм.

Трет-бутил представляет собой кислотолабильную защитную группу, обычно используемую для спиртов и фенолов, которую можно расщепить с помощью трифторуксусной кислоты (ТФУ).

Триэтиламмонийфосфат представляет собой буфер, используемый в мобильных фазах обращенно-фазовой ВЭЖХ.

Трифторуксусную кислоту (TFA) использовали для отщепления пептида от смолы в Fmoc-SPPS и для удаления защитных групп, полученных из tBu.

Трифторметансульфоновая кислота (TFMSA) является более сильной кислотой, чем TFA. TFMSA может использоваться как более безопасная альтернатива высокотоксичному HF на заключительном этапе расщепления стратегии Boc-SPPS.

L-трет-лейцин (Tle) представляет собой неполярную аминокислоту со стерически требовательными боковыми цепями, которые дестабилизируют -спирали.

2,4,6-Триметоксибензил представляет собой кислотолабильную амидную защитную группу Asn и Gln, используемую в Fmoc-SPPS.

Тозил используется в качестве защитной группы для гуанидина и имидазола в Boc-SPPS и может быть удален Na/NH3.

Тритил (Trt) представляет собой кислотолабильную защитную группу, используемую для остатков Asn, Cys, Gln и His в Fmoc-SPPS. Его можно выборочно удалить с помощью трифторуксусной кислоты (ТФУ).

Чистые пептиды после лиофилизации обычно существуют в виде белого порошка.

Вазоактивный кишечный пептид (ВИП) представляет собой 28-аминокислотный пептид, принадлежащий к суперсемейству пептидов глюкагона-грелина-секретина.

9-Ксангидрил (Xan) представляет собой кислотолабильную амидную защитную группу, используемую для остатков Asn и Gln в Boc-SPPS. Ксан можно избирательно удалить с помощью TFA.

Когда пептид помечен флуоресцеином FAM, лиофилизированный порошок обычно имеет желтый цвет.

Z-бензилоксикарбонил, сокращенно Z или Cbz, используется в качестве аминозащитной группы при синтезе пептидов. Его можно удалить с помощью гидрогенолиза или сильных кислот, таких как чистая HF или HBr/уксусная кислота.